Damit wird aus dem langjährigen Projekt nun eine feste Institution. Die Vereinbarung bezieht sich auf die Angelegenheiten des deutsch-tschechischen Bildungsganges und des Internates. Durch die Überarbeitung entstand ein flexibler, zeitgemäßer und unbefristeter Vertrag, der die Eigenverantwortung des Friedrich-Schiller-Gymnasiums deutlich stärkt. So sind z. B. bei schulstrukturell notwendigen Änderungen keine ministeriellen Verhandlungen mehr notwendig.
Kultus-Amtschef Wilfried Kühner: »Mit der neuen Vereinbarung legen wir den Grundstein für eine dauerhafte sächsisch-tschechische Bildungs-Zusammenarbeit. Der binationale-billinguale Bildungsgang am Friedrich-Schiller-Gymnasium ist dabei das Flaggschiff unserer grenzüberschreitenden Bildungskooperation.« Der Amtschef wies darauf hin, dass die Verwaltungsvereinbarung auf dem europäischen Gedanken der Verständigung und Begegnung junger Menschen aus beiden Nachbarländern basiert. Zudem machte Kühner vor allem deutlich: »Der Erfolg des Bildungsganges in den letzten 25 Jahren lag vor allem am engagierten Einsatz der Lehrerinnen und Lehrer sowie dem Ehrgeiz der Schülerinnen und Schüler. Dafür möchte ich mich herzlich bedanken.«
Im Jahr 1998 wurde zwischen dem Freistaat Sachsen, vertreten durch das Sächsische Staatsministerium für Kultus und der Tschechischen Republik, vertreten durch das Ministerium für Schule, Jugend und Sport (MŠMT), die erste Verwaltungsvereinbarung zum gemeinsamen Betrieb eines binationalen-bilingualen deutsch-tschechischen Bildungsganges am Friedrich-Schiller-Gymnasium Pirna geschlossen.
Der binationale-bilinguale Bildungsgang umfasst sechs Jahre. Er ist für Schülerinnen und Schüler von der Klassenstufe sieben bis zur Jahrgangsstufe zwölf vorgesehen. Der Unterricht wird in jedem Schuljahr in einer binationalen-bilingualen Klasse mit jeweils 14 tschechischen und 14 sächsischen Schülerinnen und Schülern organisiert.